POČÍTAČE

Pohledem na histogramy si ověřte aktuální zatížení procesorů a disků v našem klastru nebo sledujte časový vývoj zátěže procesorů. Projděte si poznámky k našemu hardwaru a zahleďte se na seznam softwaru dostupného na strojích s Linuxem i Windows. Zkuste, zda nenaleznete něco užitečného dole mezi návody.

CPU & RAM usage

guptime

Disk usage

gdf

Monitoring: guptime guptime singles GPUtime gdf gTemp guptime PAST

Aktuality

Hardware

Intel CPU

Klastr KG přehledně

Hardware klastru

Počítačový klastr katedry zahrnuje 10 strojů geof*0 s univerzálním přístupem zaměstnanců a studentů, 4 špičkové geofa* s procesory AMD Ryzen 9, 15 serverů geofxyzw* s procesory Intel Xeon/Intel i9/AMD Epyc a další uzly (trojice karel-lojzik-vaclav a soukromější singles), celkem padesátka strojů s téměř 700 CPU jádry, 4 TB paměti a 700 TB diskového prostoru. Některé stroje jsou vybaveny výpočetními koprocesory (Nvidia GPU), servery jsou propojeny vysokorychlostní sítí InfiniBand. Aktuální údaje o procesorech, paměti, síťových discích a výpočetních koprocesorech shrnuje přehled Počítačový klastr KG.

Přístup ke strojům

Ke strojům se vzdáleně přistupuje pomocí textových nebo grafických relací. Ze strojů s Linuxem k tomu obvykle slouží příkaz ssh, resp. pro grafickou relaci ssh -X nebo -Y, využít lze i TurboVNC vncviewer. Ze strojů s Windows se užívá aplikace PuTTY nebo příkaz ssh (nativní nebo z WSL) a pro grafické prostředí TurboVNC viewer nebo X2Go klient. Pro přenos dat slouží příkaz sftp nebo sshfs spoje, ve Windows navíc aplikace WinSCP nebo stejnojmenný plugin v Altap Salamanderu. Mezi uzly klastru lze pro datové přenosy používat NFS spoje. Bývá vhodné nastavit si SSH klíč pro bezheslový přístup (příkaz ssh-keygen -t rsa a přidat obsah id_rsa.pub do ~/.ssh/authorized_keys na cílovém stroji; podrobněji v poznámce).

Spouštění úloh

Uživatelé mají obvykle na každém síťovém disku (/nfs10 na stroji geof10, /nfs20 na geof20, ...) svůj adresář. Spouštění úloh není řízeno frontami, je na uživatelích, aby si pomocí skriptů guptime a gdf nebo jejich grafických variant guptime a gdf vybrali nepřetížený stroj, tedy stroj s počtem běžících úloh menším než je počet jader, uvedený v popiscích dolní osy obrázku guptime nebo v přehledu Počítačový klastr KG. Stroje podporují hyperthreading, tedy může (ale nemusí) přinést užitek zatížit stroj až na 200 %. Není vhodné přetěžovat karla, na kterém běžně pracuje několik živých uživatelů interaktivně a který nese web server.

Software − Linux

Ubuntu

Klastr KG přehledně

Na uzlech klastru běží operační systém Linux v distribuci Ubuntu 22.04 Jammy Jellyfish.

Návody pro spouštění paralelizovaných úloh

Pro nastavení prostředí příslušného softwaru může být třeba volat aktivační skripty:
    ' source load_foo '  neboli  ' . load_foo '
Týká se to mj. překladačů Intel (load_intel), Nvidia (load_nv) a AMD (load_amd), Aspectu, GMT a ParaView.

Programovací jazyky, numerické modelování

Paralelizace a numerické knihovny

Vizualizace

a další balíčky...

Software − Windows

Windows

Stroje s Windows umístěné v počítačové laboratoři, posluchárně a po kancelářích mohou obsahovat mj. níže uvedený licencovaný nebo volně dostupný software. Leccos máme k dispozici jak v Linuxu, tak pro Windows: překladače GCC a Intel oneAPI HPC, Python (Anaconda), Matlab a Octave s mnoha balíčky, numerické knihovny OpenBLAS, Intel MKL, UMFPACK i Pardiso, grafický software GIMP, ImageMagick, Inkscape, gnuplot, GMT a ParaView a samozřejmě LaTeX. S Windows Subsystem for Linux (WSL) anebo GCC překladači (ve variantě MinGW) se do Windows dostanou i běžné linuxové nástroje, včetně bash, make a awk.

Software

Návody

Další návody jsou k nalezení na stránkách semináře o softwaru pro geofyziky.